La Ciudad de Nueva Guadalupe es una comunidad de origen “pipil”, fundada en el año de 1838 por el coronel colombiano Narciso Benítez “guerrillero” (ideología socialista) en el valle denominado “la Esperanza”.  En 1840 Nueva Guadalupe por disposición del coronel Benítez recibe el titulo de “Pueblo Viejo”.

Perteneció al distrito de Chinameca en el departamento de San Miguel desde 1838 al 22 de junio de 1856 y al mismo distrito de departamento de Usulutan.

En 1860 por disposición siempre del Coronel, decidió estimularlo nombrándolo “VILLA”.

Desde el 22 de junio de 1865 al 14 de julio de 1875 posteriormente este distrito pasó al departamento de San Miguel nuevamente.

La historia registra que el 6 y 7 de mayo de 1951 sucedió uno de los terremotos más fuertes ocurridos en la región oriental, el cual destruyó casi en su totalidad las ciudades de Jucuapa, Chinameca, Alegría y Nueva Guadalupe.  Fenómeno que obligó a las autoridades gubernamentales a reconstrucción total de los pueblos antes mencionados construyendo las viviendas nuevamente con el apoyo de la República de Argentina a las familias damnificadas así como también ayudas alimentarías y de salud.

En 1878 fue otorgado él titulo de Municipio. Él titulo de Ciudad le fue otorgado el 2 de diciembre de 1996.